慧济禅寺亦称佛顶山寺，建在佛顶山巅。其处绀殿崇楼，荫映山巅，瑞霭弥漫，祥云呵护，为香客游人向往之名刹，常有“三步一拜上佛顶”之虔诚信众。据历代《山志》载，山巅原有石亭，内供石佛，明万历间（1573-1619），僧圆慧建慧济庵，尚宝司丞沈泰鸿题额“宝月含空”。期间，鄞县薛三台《游普陀山夜宿佛顶山寺》诗云:“为寻绝顶入云深，普向尘寰证佛心。家国艰难余涕泪，乾坤俯仰此登临。上方钟磬圆僧梦，天际波涛送梵音。瀛海扁舟蔬作饭，不须风雨助愁吟！”

清康熙间（1662-1722），僧普顺重修殿宇，后年久荒圮。乾隆五十八年（1793），僧能积在山巅发现石幅上镌“慧济禅林”四字，募创圆通、玉皇两殿，建钟楼、大悲殿、斋楼等。光绪二十一年（1895）殿宇尽毁。后经韩山曦居士捐资重建大雄宝殿、玉皇楼、钟楼等，于二十七年落成。光绪三十二年，住持德化请《大藏经》贮寺。民国初，又经文质长老增建，遂成巨刹。

新中国成立后，僧善余等居之。建国初，寺由陆军进驻。1979年10月，驻军腾退，由普陀山佛协接管，当年公布为市级文物保护单位。翌年，开始全面修复。1983年，国务院60号文件列慧济寺为全国汉族地区142座重点寺院之一。1985年中央办公厅、国务院办公厅正式将慧济寺划归普陀山佛协管理使用。1988年新建观音殿，1995年新建栴檀阁、拆建斋堂、新建荷花池；1997年重建阅藏楼，1998年建释迦牟尼佛应化事迹碑廊，琢山门口“龙宫”。

进入山门，天王殿内四天王，弥勒、韦驮像系1984年重塑；对面照壁镌“南无观世音菩萨”，道光二十年（1840）寺僧圣光立，苏州常熟草圣庵清本书。大雄宝殿为僧能积创，光绪二十一年（1895）毁于火灾，僧源法、源顺等募资重建，僧静山募盖黄瓦。殿中供奉释迦牟尼佛，两旁阿难、迦叶；后面供“西方三圣”；两旁左杨技观音、千手观音，右文殊、普贤菩萨；两边靠壁“二十诸天”像，系1983年重塑。大殿右侧祖堂，内塑圆慧祖师像；壁间嵌有“历代佛祖像碑”，镌释迦佛、摩诃迦叶、阿难尊者、商那和修尊者、优婆毱多尊者、提多迦尊者等34位半身像；楼上大悲楼供千手观音座像；殿外壁间嵌“慧济寺助田碑”，系嘉庆二十二年（1817）住持登泉所立。

西为观音宝殿，中供香樟木雕贴金重光观音座像；两边壁间嵌历代名家绘观音宝像碑，1991年无锡黄良起镌，住持妙善立。

东侧为藏经楼，楼下法堂；由此向东为方丈殿，庭院小巧幽雅，廊间嵌慧济寺“规约”碑，民国二十四年（1935）住持善余立。大殿西侧为玉皇楼，楼下客堂，东侧地藏楼，用作僧寮。此外尚有上斋堂、下斋堂、禅堂、云水堂等殿宇。东南边庭院内建有钟楼、汉白玉荷花池，池中架设白玉曲桥，建于1992年；园内有梅檀图，内供檀香木雕释迦牟尼佛立像。院西壁嵌释迦牟尼佛出世成道浮雕32帧。寺之西南有普陀鹅耳枥树，乃国家一级保护植物。拾级而下，竖一巨岩，上有“朝阙玉柱”四字，镌于康熙年间。东麓原有法喜庵，崖间镌“慧济禅林”四字；南下有刀劈石等景点。