大乘禅院位于象王峰东下。据民国《普陀洛迦新志》等记载，院址旧有兜率篷，民国四年（1915）慧济寺监院庆祥募资改建为庵院，隶属慧济分支。光绪三十四年（1908），僧善慧从缅甸请35公分高玉佛千尊，供奉千佛楼，楼下塑大卧佛，为福建一带信徒香火地。

新中国成立初，僧了生、道园、道法等居之。1963年，香港、菲律宾等地侨胞捐资饰新殿宇，今山门内有当年所立“香港爱国同胞发心建筑广种福田碑”和“海外侨胞为爱祖国名胜大士道场发心募捐功德碑”。

1980年军队腾退，由普陀山佛教协会接管。翌年，进行全面整修，重塑佛像，恢复千佛楼及卧佛。1993年翻建斋楼、香积厨。1996年建过廊，与西侧鹤鸣庵打通。1999年新建天王殿，翻建后厢楼。原圆通宝殿中供泥塑贴金净瓶观音座像，两边文殊、普贤菩萨。2003年11月起，拆建圆通殿及东西厢楼。千佛楼上供新雕玉佛千尊；楼下卧佛长9米，右手枕耳，侧身而卧，神态安详，为释迦牟尼佛涅槃相。2014年初山门前新建巨型照壁，额云“双林圣迹”，两边联云“入大乘门中观三界五蕴皆幻化；住禅院深处融六度四摄即归宗。”