古佛洞原名古佛洞庵，位于飞沙岙中段。依山傍海，清静幽绝，庵所处飞沙岙，明抗倭时期曾驻兵之地，有“岛中沙漠”之称，故历来有商船采沙此间。据《民国重修古佛洞禅院碑》记载，清末，僧仁光静修于洞，光绪三十三年（1907）圆寂，肉身不坏，其徒涂以金漆，供奉洞中，称“古佛”。由陆锡候、张石川两善信筹建。

1998年普陀山佛协收回，2005年拆去重建，新建庵院建筑面积2600平方米，包括地下室600平方米。大段主供高2.8米夹纻工艺贴金释迦牟尼佛，旁有阿难、迦叶两大弟子。