多宝塔院位于海印池东南侧。院内有多宝塔，又称“太子塔”，由元元统二年（1334）宣让王帖木儿不花捐钞千锭，宝陀寺住持孚中禅师建。清康熙间（1662-1722）普济寺监院海安建，僧净尘修。乾隆后废。民国八年（1919），陈性良等捐资建正殿5间，偏房4间，被列为茅篷。民国三十五年（1946）兼作“化雨小学校”。

宝塔方形5层，高约18米，太湖石筑砌，塔立面有台无檐。每层挑台石栏柱端刻护天神狮和莲蕊；上三层四面各镂古佛一尊，周檐镌蒙文；第三层四周塑观音三十二应身小像。佛龛壶门上有题记三处，西面佛龛壶门题记:“佛弟子殷必胜同妻、女僧人朱氏妙清，元统二年十一月吉日志”；南面佛龛壶门题记:“大明万历二十年常州府无锡泰伯乡信人周祖德重修，捐产报亲，同弟周祖庆助银五两”；北面佛龛壶门题记:“平江路城东北隔道义桥、桥北街东居奉佛女弟子孙三娘法名妙清助”。

底台较宽广，边角上雕塑四天王立像，沿栏饰“二十四圆通”浮雕，栏下塑螭首20只，张口作吐水状，融元代建筑及普陀山观音道场特色为一体。塔之南面石额“多宝塔”，民国九年（1920）庄蕴宽书；西面石额“永劫常住”，民国八年王人文题。底台左角镌“监造绘图工程师朱贺庭、安徽无为陈性良重修、天津启新公司洋灰造成。

1979年多宝塔列为浙江省重点文物保护单位。1997年普陀山佛协收回。2003年，普陀山佛协成立“多宝塔维修办公室”，着手维修，发现塔内有明万历十七年（1589）傳光宅所书石碑一块。2006年5月，多宝塔列为全国文物保护单位。2008年佛协按修旧如旧原则，塔院与宝塔同时维修完毕。