祥慧净院位于青鼓垒西南青石湾。据民国《普陀洛迦新志》等记载，始建于清乾隆年间（1736-1795），原名长慧庵。嘉庆间（1796-1820）僧广褔改建，改名祥慧庵。光绪十八年（1892）秋，徒化池等大修。

新中国成立初，僧自馨、净明等居之。1988年浙江省人民政府批复，将祥慧庵与已经归还佛协的极乐庵对调，划归佛协管理使用。直至1995年，普陀山佛协才正式收回。翌年着手重建，至1997年竣工。三圣宝殿3间，由隐秀庵旧大殿建材建成，中奉泥塑贴金“西方三圣”立像。廊间“重修祥慧净院碑”。东西厢楼各14间，西楼用作寮房，后面有念佛堂、斋堂。