慈云禅院位于短姑道头西侧，原名慈云庵。据民国《普陀洛迦新志》记载，为明万历间（1537-1620）僧如有禅师创建，清康熙间（1662-1722）八世孙心悦重修。光绪十八年（1892）僧益谦改建。

1985年中央办公厅、国务院办公厅批复，将慈云庵划归普陀山佛协管理使用。1988年着手维修，1993年翻建厢楼。现有圆通殿，中供泥塑贴金说法观音座像，两旁善财、龙女。两边厢楼，用作寮房和库房；东侧为伙房、斋堂。庭院南濒海筑女儿墙，面对莲花洋，风光独特。妙善长老题“潮音海月”额。