圆通禅林位于梅岑山脉中段之巅。据民国《普陀洛迦新志》等记载，明万历五年（1577）僧圆献创。清乾隆间（1736-1795）僧源法等居之，历久颓圮。同治三年（1864），观音洞庵僧普信建茅蓬3间于原址西下“不二石”侧，仍名圆通庵。同治七年，徒山静、孙永悟、永庆扩建为庵。光绪二十六年（1900），僧莲禅建念佛堂，徒孙化果创韦驮殿、方丈室，改建客堂及东西厢楼，置上海贝谛塵路莲华寺及西门外龙寿庵为下院。

新中国成立后，僧根荣、又祥等7人居之。1988年普陀山佛协收回整修。整修后改名“正法讲寺”。1996年拆建大殿，整修东西厢楼，改建方丈殿，新建伙房、斋堂等。

翌年，新建教室，开办普陀山佛学院尼众班。2001年改名“圆通禅林”，2003年，建山门前坪台，石栏上雕祥云、花卉、珍兽。照壁前镌“慈眼视众生”五字；后镌“佛说八大人觉经”。山门内天王殿内新铸铜质四天王座像，世所罕见。第二重圆通宝殿中供重3吨铜铸鎏金净瓶观音座像。殿外弥勒佛座像、狮座等全为铜铸。东楼用作库房、客堂和寮房。

2000年东侧望海楼改建为教学楼，后面为师生餐厅。大殿西侧念佛中供释迦牟尼佛、文殊菩萨、弥勒菩萨三尊座像，旁供一尊铜铸鎏金观音立像，妙相端雅。1998年得台湾普觉法师护持，在念佛堂后平台上新建“正法明如来铜殿”，高7.88米、重77吨，重檐翘角，面积40多平方米，耗资1000多万元。

整座禅林建筑在山麓中间，以山取势，构筑精巧，殿堂院落，分布合围，特色明显。2010年5月公布为市级文物保护単位。