灵石禅院旧名龙泉庵，位于磐陀石东北侧。据明万历《普陀山志》等记载，明万历间（1573-1609）僧求凝创。清康熙间（1662-1722）僧真全、广运重修。后年久圮废。乾隆末，僧隆定及徒能立四出募捐，于道光二年（1822）重建，改名灵石庵，后又经徒孙旭崖扩建。光绪初，僧梅卓建那伽室，与蜀僧清福同住。光绪三十年（1904），清福赴印度朝圣，经斯里兰卡，请回佛舍利12颗，以其中3颗及玉佛1尊、贝叶经1部供奉庵中。数年后徒学海建舍利殿于清福、梅卓居室故址。

新中国成立初，僧怀品、宗善等居之。1985年中央办公厅、国务院办公厅批复，将灵石庵划归普陀山佛协管理使用。1990年重建。庵外黄墙书“唵嘛呢叭咪吽”六个大字。圆通宝殿中供香樟木雕贴金柳瓶观音座像，两旁善财、龙女；后边文殊、普贤菩萨；两边十八罗汉。庭院两侧各建厢楼，东楼为斋堂。