百子堂位于海印池东南侧，毗邻天华堂。清康熙初鄞县僧心一结茅于此，取名“六合庵”。康熙年间（1662-1722）末徒孙广博、续静等增建大悲阁于庵右，改名“柏子庵”。同治元年（1862）僧月空同徒修。光绪二十七年（1901），僧极得建外山门。民国十二年（1923）春，增建送子观音殿、楼房，改名百子堂。

新中国成立初，正慧、静清、永斌等6僧居之。1998年普陀山佛协收回，2008年根据修旧如旧原则重修，于2009年底完工，与天华堂打通，成为佛教博物馆配套庵院。百子堂布局规整，建筑精细，古朴典雅，基本保持原貌，2010年5月公布为市级文物保护单位。