普陀山佛教博物馆位于海印池东南侧，多宝塔院内，前身位于悦岭庵普陀山文物馆。2006年舟山市人民政府城乡建设委员会、舟山市发展和改革委员会批复，同意普陀山佛教博物馆项目立项。工程规划图纸由佛协委托华东设计院设计，于2007年7月正式通过，同年9月20日开始主体工程施工，至2009年完成主体工程验收，2010年完成内部装修及配套附属项目和新馆文物布展设计等工作。

馆内各项功能设施均按现代化标准配置，其中恒温、恒湿、暖通设备、消防给水系统和电子监控设备等均为国内先进标准。房屋立面为仿宋建筑，上下两层，设9个展厅。2011年11月25日，普陀山佛教博物馆隆重开馆。

新馆收藏佛教文物1200余件，分展7个展厅，其中底层3个展厅，上层4个展厅，中间为前后2个集散厅。前厅正中壁框内供奉一尊净高1.58米、厚35厘米、重800余公斤的十八臂翡翠观音，采用整块白绿色翡翠雕成，观音18只手皆各持宝器，晶莹剔透，巧夺天工。

入门大厅左侧第一展厅为“普陀山佛教历史厅”，展出文物51件。底层大厅后面第二展厅为“普陀山佛教法器展厅”，展出文物55件。底层大厅右侧第三厅为“普陀山文物精品厅”，展出文物38件。上层楼梯左侧第四厅为“普陀山佛像精品展厅”，展出佛、菩萨像44尊。上层大厅后左侧第五厅为“普陀山历代书法精品厅”，展出书法精品33件。上层大厅右侧第六厅为“普陀山历代佛像画精品厅”，展出佛像画精品22件。上层大厅左侧第七厅为“普陀山历代绘画精品厅”，展出绘画精品33件。